种群历史重建（reconstruction of population history），理学-生态学-〔分子与进化生态学〕-分子生态学-群体遗传学-〔遗传结构〕-群体历史重建，根据遗传漂变、溯祖理论等种群遗传学原理，利用遗传标记信息来估计种群历史的方法。又称群体历史重建。为了推断种群的进化历史，种群遗传学家首先建立数学模型，然后设计方法来检验这些模型，并根据种群遗传数据来估计模型的参数。为了估计这些模型参数，需要一个根据数据能够计算的统计量，例如如果是DNA序列数据，可以计算分离位点数（一般用来表示）、不同序列间平均位点差异数量等（一般用来表示）。利用溯祖理论能够证明这两个统计量均可用于估计种群遗传参数（为有效种群大小，为每世代突变率）。如果突变率已知，就可以根据或者公式得到关于有效种群大小的信息。早期的种群历史重建方法包括基于DNA序列信息的天际线（skyline）法以及专门用于微卫星分子标记的方法。