作物基因发掘（crop gene discovery），农学-作物学-作物种质资源-作物种质资源鉴定-作物基因型-作物基因发掘，通过数量性状遗传定位和候选基因功能验证等方法对作物新基因进行发现和挖掘的过程。作物重要农艺性状如产量、品质、抗性等大多属于数量性状（quantitative trait），由多基因控制，易受环境影响，在分离后代中性状呈现连续分布。控制这些数量性状的基因位点称为数量性状位点（quantitative trait loci; QTL）。克隆数量性状QTL基因、挖掘优良等位基因，阐明其调控机制，创制优良育种材料等已成为作物遗传育种领域研究的重点。原创性作物基因的发掘一般分三步：①数量性状遗传定位，即QTL定位（QTL mapping）。②QTL精细定位。③候选基因功能验证。