中华人民共和国兰州海关于1989年9月28日经国务院批准正式成立，是直属海关总署领导的正厅级海关。建关之初的监管区域包括甘肃省、青海省、宁夏回族自治区"二省一区"。随着银川海关于1997年11月成立，西宁海关于1998年10月成立，关区变为甘肃一省。2017年11月，兰州海关获第五届全国文明单位荣誉。2017年11月18日，获得第五届全国文明单位奖项。现行机构设置有办公室、审单技术处、综合业务处、稽查处、 人事教育处、财务处、监察审计室、现场业务处、机关服务中心等9个处级机构和缉私局1个副厅(局)级机构。全关共有在职干部职工142人。