单起源（single origin），理学-生态学-〔分子与进化生态学〕-分子生态学-生物地理学-历史生物地理学-单起源，某个性状或生物类群的所有现存后裔来源于一个最近的共同祖先或一次独立的演化事件。共同祖先学说是达尔文进化理论的一个核心观点，认为所有的生物来源于一个祖先。光合真核生命起源于大约15亿年前的海洋，繁盛于有光和水的地方。植物从水生到陆地的登陆事件是地球生命演化中的具有革命意义的重大事件，但陆生植物的祖先类群一直有争议。现在较为流行的研究生物类群起源的方法是进行基因组的比较分析。例如，最新的比较基因组研究表明，现存陆地植物源于一次单一登陆事件，其共同的祖先与一个新发现的轮藻门双星藻纲单细胞绿藻（Spirogloea muscicola）拥有相似的基因组。水稻（栽培稻）是当今世界上最重要的三大主粮作物之一，水稻的起源和驯化问题长期存在争议。单起源假说认为现代的栽培稻来源于单一的野生祖先，然后适应不同的生态和地理环境而分化为籼稻和粳稻两个亚种。另外一些驯化基因的研究也为水稻的单起源假说提供了证据，比如，控制水稻落粒性的sh4基因在两个亚种中有着相同的变异，表明其单系起源。