土壤微生物群落是在生物和非生物因素的综合调控作用下，一定面积或体积的土壤中的病毒、细菌、放线菌和土壤藻类等构成的生物群体。其区系组成、种群数量、生物活性等与土壤类型、植被、气候等密切相关。土壤微生物群落的定义及测度生态学中对于群落的定义为"特定时空条件下，生活于具有明显表观特征的生境下、相互关联的不同类群生物的有序集合体"其基本特征包括外貌、种类组成与结构(如捕食关系等)、群落环境、分布范围和边界特征等。虽然这一定义中实际上包含了一定范围内的所有动物、植物和微生物，但事实上不同生态学家说到群落的时候，往往指的只是自己研究的对象，即动物群落或者植物群落。这种说法上的差异在动物和植物研究中基本不存在问题，但是对于土壤微生物，以下问题需要注意 : (1)样本的代表性决定了群落。微生物绝大多数是肉眼不可见的，因此对于土壤微生物群落来说，外在形貌、边界特征、分布范围这些都是比较模糊的概念。实际的研究中是以极少量土壤样本(0.25克到几克)中的群落代表目标范围内的微生物群落。 比如不同土壤类型之间微生物群落差异是很大的，但同一类型的土壤在养分梯度或者不同土层上也存在差异。因此，土壤微生物群