免疫器官是以淋巴组织为主的器官。按其功能不同分为中枢性免疫器官和外周免疫器官。中枢免疫器官是免疫细胞发生、分化和成熟的场所。在人和哺乳类动物主要是胸腺和骨髓，鸟类还包括法氏囊。外周免疫器官是成熟T细胞和B细胞定居的场所，也是这些细胞在抗原刺激下发生免疫应答的部位。外周免疫器官包括淋 巴结、脾脏、黏膜相关淋巴组织等。参与免疫功能的器官与无被膜淋巴组织、免疫细胞(主要为淋巴细胞、巨噬细胞等)共同组成免疫系统。免疫器官由中枢免疫器官和周围免疫器官两部分组成，主要组成部分是淋巴组织。中枢免疫器官包括胸腺和骨髓（在禽类是法布里齐奥氏囊），在胚胎发育中出现较早。造血干细胞在其中增殖分化为B淋巴细胞和T淋巴细胞，中枢免疫器官将B细胞或T细胞送到周围免疫器官，淋巴细胞在中枢免疫器官内不需抗原刺激即可增殖。周围免疫器官包括相互连接成网络的血循环和淋巴循环两个循环通路，包括脾脏、分散全身各处的淋巴结、肠壁淋巴小结、呼吸道粘膜的淋巴组织、阑尾、扁桃体等，在胚胎中出现较迟。周围免疫器官中的淋巴细胞由中枢免疫器官迁移来，需受到抗原刺激才能增殖，故其增殖是抗原依赖的。免疫反应在此发生。