清正规军为八旗兵和绿营兵，后者为驻地方各重要关隘主力军，多由降清明军及新招汉人编成，分马、步、守兵。营为基本建制单位，营上有协，协上有镇。清顺治七年(1650年)设立福宁协，配副将1员驻福宁，辖水陆镇标2营，分防各汛，有游击、守备、千总、把总等将领7名，标兵1800人。顺治十五年(1658年)升福宁协为福宁总镇，设镇守福宁水陆总兵1员，驻城东(今霞浦县东街152号)，下辖镇标中、左、右3营。驻防府城，分防府境各汛，设中军游击、守备各1员，千总2员、把总4员、马战兵156人、步战兵241人、守兵449人，计846人，后增为855人。