组织控制，为实现组织的目标而进行的组织结构设计、权责安排和制度设计。在信息技术环境下，流程决定企业的组织结构。因此，组织结构设计应以产出为中心，结合企业流程特点、信息化程度、人员素质、风险类型与大小进行全盘考虑；围绕产出目标，重新审视原先组织的职能界限与任务划分，尽可能将跨越不同职能部门并由不同专业人员完成的工作环节集合起来，形成适应流程管理与控制的企业组织结构，使企业组织设计能保障决策点、控制点位于工作执行的地方，能将信息处理工作纳入产生这些信息的实际工作中，并与员工信息的使用权、决策权相匹配，与切合流程职位的控制信息需求和成功运用这些信息相匹配。