大觉寺统是镰仓时代后期、南北朝时代，日本皇室系统的一支、与持明院统形成对立局面。这个系统的皇室包括第88代后嵯峨天皇之子与第90代亀山天皇的子孙。镰仓后期，在皇位继承上出现了后深草天皇（持明院统）和龟山、后宇多天皇（大觉寺统）两支皇统的对立。两皇统都想利用幕府的力量达到唯我独尊，结果反受幕府干涉，在幕府的提议下形成了两皇统交替即位的协定。从后宇多天皇到后醍醐天皇的6代天皇为两统交替继位。但两统对立未能消除，后来发展成为南北朝对立的局面。公元1259年，已退位的后嵯峨天皇废立已即位的后深草天皇，立七子恒仁继位为龟山天皇，从而使两个天皇产生对立，后深草子孙形成的持明院统皇室，和龟山后裔的大觉寺统皇室自此不断为了皇位问题激烈斗争。这时镰仓幕府居中进行调停，最后决定由两方的子弟（皇统）轮流继任天皇。