书院祭祀是指古代书院师生崇奉先师先贤的祭祀活动，为书院教育方式之一。西周学校已有祭祀。《周礼·春官宗伯》郑玄注：“始入学，必释菜礼先师也。” 汉唐以来，州县学校都有祭祀先师孔子的定制。书院承官学亦建专祠，除祭孔外，并扩展其祭祀对象：（1）本院所尊崇的学术大师。宋朱熹创竹林精舍， 释祭先 圣先师，以周、程、邵、司马、豫章、延平七先生从祀。明代书院， 属姚江学派者祀王守仁，属甘泉学派者祀陈献章、湛若水。《明史·陈献章传》：“若水生平所至，必建书院以祀献章。”清代阮元创建研习汉学的诂经精舍、学海堂，祭祀汉学家郑玄、许慎。（2）有功于本院建设的先贤。岳麓书院于明代立“六君子祠”，祭祀对创建、发展岳麓书院有特殊贡献的六个地方官吏和学者。白鹿洞书院创先贤祠，祀历代有成就的洞主、山长和兴复书院有功者。（3）本地的乡贤、名宦、著名学者等。东林书院祭祀“七先生”，其中六人即无锡地区名儒。岳麓书院有“船山祠”，祀湖南学者王夫之。以此对学生进行伦理道德、行为方式及治学态度等教育。明中叶后，书院成为科举附庸，又建文昌阁、魁星楼等，以祭神祈求科举及第。