藤原在衡，中纳言山阴孙，僧如无之子也。伯父但马介有赖养为嗣。延喜八年，入大学，试文选、范史，以错误下第。十二年，省试，寻为文章生。十七年，出身为伊豫、备前掾。明年，对策登科，为少内记藏人。延长中，叙从五位下，任刑部少辅，特听升殿。寻为大学头，除式部权少辅。天庆四年，任参议。村上帝即位，叙从三位，任权中纳言，进正三位，转大纳言。天德四年，禁内火，宫殿悉毁。在衡监改造之事。明年，以功叙从二位。安和二年，设尚齿会於粟田山庄，会若各脱朝服，著直衣指贯。世以为盛事。太政大臣实赖，以和汉尚齿会画障赠之。会左大臣源高明蒙谗贬谪，在衡闻而叹惜。家臣庆曰：「大臣有阙，次当在公。」在衡大怒逐之。既而代师尹为右大臣。明年，转左大臣。是冬，以疾致仕。寻薨，年七十九。赠从一位，称粟田左大臣，又万里小路。在衡在职未曾废朝参。一日风雨暴烈，左卫门吉上相谓曰：「勤恪如在衡，亦艰於朝参。」言未毕，有蓑笠来者，视之则在衡也。时人叹称焉。在衡豫知帝所读书，每入朝，车中必载其书。有所顾问，则占对明悉。是以才学虽无大过人，深见嘉尚焉。子国光，治部卿。国光子忠辅，安和初，起文章得业生，累官阶，至正三位权中纳言。