方巧君于2005年在美国约翰霍普金斯大学医学院获得生物化学博士。 2005年至2009年在约翰霍普金斯大学和 Fred Hutchinson Cancer Research Center 做博士后。2009年被Fred Hutchinson Cancer Research Center聘为正式科研人员， 主要从事蛋白结构信息学及基于蛋白组学的系统生物学研究。 2013年加入国家纳米科学中心，入选中科院“百人计划”研究员。 研究工作包括：（1）结合蛋白组学、基因组学的系统生物学方法分析纳米材料的生物效应及在分子水平上的毒性和毒理；（2）寻找蛋白分子标志物及其在纳米医学领域里的临床应用。