副突变是指一个等位基因可以使其同源基因的转录产生稳定可遗传变化的途径。发现副突变(Paramutation)首次于上个世纪50年代在玉米中被发现，后在其他植物和真菌中被发现，它是一种不符合法则的遗传形式。大多数情况下，孟德尔的遗传定律(该定律认为基因对中的等位基因独立遗传)都是对的。作用副突变是具有同一位点的两个等位基因之间的相互作用，它导致其中一个等位基因发生一个可遗传的变化。现在，这种类型的非孟德尔遗传已在一种动物中被发现。在对小鼠的Kit基因进行研究的过程中，研究人员发现，在与无效突变体杂交之后，野生型表现型没有得到充分表达。Kit+/Kit+基因型事实上是按预料中的频率生成的，但由于副突变，它们中大多数仍然有白点突变体表现型。这种外成(独立于DNA的)遗传的机制涉及配子与合子之间的RNA转移。RNA是这方面的一个关键成分，它参与了植物的各种不同类型的外成遗传，作为遗传信息的存储地点，或作为起调控作用的"微RNA"(microRNA)。