对人和生物有害的微生物、寄生虫等病原体和变应原等污染水、气、土壤和食品，影响生物产量，危害人类健康，这种污染称为生物污染。生物污染（biological pollution ）由可导致人体疾病的各种生物特别是寄生虫、细菌和病毒等引起的环境(大气、水、土壤)和食品的污染。未经处理的生活污水、医院污水、工厂废水、垃圾和人畜粪便(以及大气中的漂浮物和气溶胶等)排入水体或土壤，可使水、土环境中虫卵、细菌数和病原菌数量增加，威胁人体健康。污浊的空气中病菌、病毒大增，食物受霉菌或虫卵感染都会影响人体健康。海湾赤潮及湖泊中的富营养化，某些藻类等生物过量繁殖，也是水体生物污染的一种现象。