中国科学院地质与地球物理研究所是1999年6月由中国科学院地质研究所和中国科学院地球物理研究所整合而成。2004年，中国科学院武汉物理与数学研究所电离层研究室整体调整到本所。整合后的地质与地球物理研究所是目前中国最重要和最知名的地学研究机构之一。 研究所战略定位是“面向世界科技前沿，面向国家重大需求和国民经济主战场，以固体地球科学为主攻方向，建设‘理论创新＋技术研发＋成果转化+科教融合’四位一体的新型国际化研究中心”。在全球性地球科学问题研究上取得原创性突破，发展地球科学理论；聚焦国家资源、能源和环境领域重大科学问题，支撑国家战略需求和服务经济社会发展。近年来，研究所致力于科研理念、组织架构、管理模式和创新体制等方面的转变。从全球视野的角度，组织科研力量对特提斯构造域演化与资源能源效应、克拉通破坏与巨量金属成矿、地球内部结构与过程、比较行星学等学科前沿问题开展了研究，并取得重要进展。同时聚焦国家资源探测战略需求，围绕深部资源探测先导技术和自主仪器装备研发展开集成攻关并取得关键突破。当前，研究所积极实施中国科学院“率先行动”计划，与中国科学院广州地球化学研究所和中国科学院地球化学研究所共同筹建“中国科学院地球科学研究院”，努力成为深部资源勘探装备与开发前沿技术的引领者，成为资源新理论与创新技术产业化的示范者和实践者，成为世界领先的深部资源技术解决方案提供者，成为高端地学人才培养者。