中国科学院新疆生态与地理研究所（以下简称新疆生地所）成立于1998年7月7日，由中国科学院新疆生物土壤沙漠研究所（1961年成立）和中国科学院新疆地理研究所（1965年成立）合并而成。 研究所面向国际干旱区生态、环境、资源领域科技前沿，面向国家“丝绸之路经济带”建设重大需求，面向新疆社会稳定与长治久安主战场，围绕自然资源开发、生态修复、环境治理、生物多样性保育和区域可持续发展等重大问题，重点开展“丝绸之路经济带”生态与环境监测和评估、干旱区水土资源利用与生态安全、新疆和中亚矿产探测与环境治理、干旱区战略生物资源可持续利用、新疆农牧民增收和区域发展等研究。 在科研机构设置方面，建有荒漠与绿洲国家重点实验室，中科院干旱区生物地理与生物资源重点实验室；国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心；中科院与自治区政府共建了中科院新疆矿产资源研究中心。在国内建有11个野外台站，其中，新疆阜康荒漠生态系统国家野外科学观测研究站、新疆阿克苏农田生态系统国家野外科学观测研究站、新疆策勒荒漠草地生态系统国家野外科学观测研究站为3个国家野外观测站。另有分析测试中心、文献信息中心、标本馆等科研支撑平台。2017年，与塔什库尔干野生动物保护区共建了帕米尔高原生态野外观测与研究站。