印第安人是殖民主义者最早的掠夺和奴役对象,因而他们也最早起而进行反抗斗争在整个殖民统治时期，印第安人的起义遍及拉丁美洲各个地区,其中规模较大的是发生于1780~1781年的图帕克阿马鲁起义1535年爆发的曼科起义1742年胡安·桑托斯领导的起义等。起义的领导者J.G.孔多尔坎基以恢复印加帝国为口号，自称为图帕克·阿马鲁二世，试图重建独立的秘鲁国家。起义得到各地印第安人的响应，队伍很快发展到6万人，数月内占领了秘鲁的大部分领土。由于战略失策、土生白人背叛等因素，起义最后失败，图帕克·阿马鲁二世壮烈牺牲。