国际微生物生态学会（International Society for Microbial Ecology），理学-生态学-〔综论〕-〔机构团体〕-国际微生物学会，微生物生态学及其相关科学的非营利性科学团体。其前身是从属于国际微生物学会联合会（International Association of Microbiological Societies）的国际微生物生态委员会（International Commission for Microbial Ecology），于1970年在墨西哥城召开的国际微生物学大会期间成立，1998年在加拿大哈利法克斯召开的第8届国际微生物生态学大会期间更名为国际微生物生态学会，并脱离国际微生物学会联合会成为独立的学术团体。学会注册地为瑞士的日内瓦，网址是https://www.isme-microbes.org。学会举办国际学术会议、专题学术讨论会，出版刊物，促进教育与研究，推动科技信息交流。学会不仅与其他学会开展广泛的合作，还通过设立地区科学大使的方法保持与世界各个地区的密切交流。