黑龙江省医学科学院（以下简称医科院）创办于1979年，1985年并入哈尔滨医科大学。按照黑编[2002]184号和黑编[2018]188号文件，黑龙江省医学科学院隶属于哈尔滨医科大学，公益一类，按正厅级事业单位管理。黑龙江省医学科学院现有180人，其中管理人员12人，专业技术人员163人，工勤人员5人。医科院具有副高以上职称的专业技术人员112人。医科院现有内部机构10个（均为正处级）：办公室、科研处、黑龙江省基础医学研究所、黑龙江省卫生学研究所、黑龙江省神经科学研究所，黑龙江省临床药学药物研究所、黑龙江省肿瘤防治研究所、黑龙江省器官移植中心、北方转化医学研究合作中心、哈尔滨医科大学中俄医学研究中心。