1939年，Ki49完成试飞，但载弹量与飞行速度不令陆军满意，不过陆军认为Ki49以后还可以继续改进，所以在1941年就正式订购了Ki49，给予100式重爆击机的名称。使用情况型号演变使用情况太平洋战争爆发期间100式重爆投入南洋战场，初期在菲律宾，兰印战场发挥过很大威力，后期因日军失去制空权所以很少出动100式重爆去执行轰炸任务，该机虽然载弹量不大但自卫火力很强，战争后期主要用来运载重要物资，充当前线巡逻警戒机或者干脆充当前线飞行防空炮台，支援战斗机与敌机交战，发挥过一定的空战掩护作用。型号演变Ki49：装HA5改950马力发动机或HA41发动机的量产前原型机型号 1型（Ki49-1）：装1