莒南县审计局为正科级行政单位，主要负责全县的审计监督工作。审计局设办公室、财政金融审计科、行政事业审计科、经贸审计科、固定资产投资审计科、农业资源与环境审计科、干审科7个科室，设党组和机关党支部，有党员41人。人员编制行政18人，事业5人。实有45人。1999年5月设立干部离任审计办公室，2002年7月更名为干部经济责任审计办公室，隶属县审计局，为副科级事业单位，编制5人。2006年6月成立了全县内部审计协会，并召开了一届一次理事会，制定了章程。协会由68个会员，22个理事组成，内审协会的成立，标志着莒南县内审工作跨入一个新的发展阶段。