代谢组学数据分析（metabonomic data processing），医学-现代医学-药学领域-药理学与药代动力学-代谢组学-代谢组学数据分析，用多变量数据分析手段对代谢组学大量数据进行分析，以阐明样品间或组别间相似性或差异性、发现差异化合物的方法。代谢组学主要利用基于核磁共振（NMR）和质谱（MS）测定技术的仪器对生物样品中小分子进行半定量或定量分析。按照测定小分子的选择范围，还可以分为非靶向代谢组学和靶向代谢组学两类。通常代谢组学所指的数据分析是指非靶向代谢组学研究中的数据分析。非靶向代谢组学就是通过仪器参数设置，对生物样品中的小分子进行全面检测，以尽可能多地涵盖测定分子并获得其信息，适合于全面获取和筛选有价值信息。靶向代谢组学则是通过限定仪器参数设置范围，在非靶向代谢组学或其他研究工作基础上，有针对性地对一类、一组、一群目标分子进行定量或半定量分析。无论是采用基于核磁共振还是质谱测定技术的代谢组学平台，对样品进行检测后都会产生高通量数据，每个样品的数据都包含有至少二维信息。