甲基化干扰实验(methylation interference assay),理学-生物学-生物工程-生物技术-生物技术-基因组工程,可以详细揭示DNA与蛋白质结合位点的方法。发展简史在甲基化保护实验基础上发展而来的实验。甲基化保护实验是研究蛋白质与DNA双螺旋大沟中的鸟嘌呤残基互作的常用方法,也用于研究与小沟中腺嘌呤的互作。但是DMS会直接作用于某些蛋白质,可能破坏其与DNA的结合。为了观察到足纹,保护技术需要核酸与蛋白质极紧密的结合,甲基化干扰实验便应运而生。即先用DMS处理靶DNA,使平均每条链上只有一个G残基被甲基化。将局部甲基化的DNA与含DNA结合蛋白的细胞提取物共同孵育,结合位点以及附近DNA的修饰会阻止蛋白质的结合。随后进行凝胶阻滞实验,分离各种DNA条带,并用六氢吡啶切割甲基化的残基,再与未结合蛋白质的对照组进行一一对应的电泳。