病毒宏基因组学(viral metagenomics),理学-生物学-微生物学-微生物基因组学,通过各种手段对环境(如海洋、土壤等)或有机体(如动物、人类的生物组织等)中的所有病毒的遗传物质的总和进行分析,以获得该环境中病毒组构成信息的研究方法。1998年,科学家们在研究土壤微生物时,将土壤中所有微生物基因组的总和命名为土壤宏基因组,首次系统地提出了宏基因组的概念,并阐明宏基因组是对特定环境中的微生物基因组的总和进行非培养的研究。将宏基因组学应用到病毒学领域,形成了病毒宏基因组学。2002年,美国科学家对海水中病毒组进行研究,首次阐明海水中病毒组以噬菌体为主,标志着病毒宏基因组学正式应用于研究。病毒宏基因组学的应用范围已延伸到海洋、湖水、温泉、下水道等无机环境,以及组织病理材料、血液、呼吸道、动物排泄物等有机体环境。