高效选育菌种（high efficient selection of strain），工学-工程热物理及动力工程-可再生能源与新能源利用-可再生能源-生物质能-生物质能源转化-生物质生化转化技术，通过自然或人工的方法使微生物发生变异，再通过识别、分离、筛选得到具有更优良性状的高产菌株的过程。高效选育菌种包括自然选育、诱变育种、杂交育种和基因工程育种。①自然选育。不经人工处理，利用微生物的自然突变进行菌种选育的过程。自然突变的主要原因包括背景辐射、环境因素的诱变、微生物的互变异构效应等。其步骤包括表观特征淘汰不良菌株、考察目的代谢物产量、遗传基因型纯度试验、传代的稳定性试验等。②诱变育种。通过物理化学诱变剂处理微生物细胞，提高基因突变频率，通过适当的筛选方法获得所需要的高产优质菌种的方法。诱变处理的基本方法包括诱变剂的选择、诱变剂量的选择、增效剂的选择、出发菌株的选择、考虑影响诱变效果的因素、诱变方法、诱变效应的测定、优良突变菌株的筛选等。而诱变成功后，正向突变的菌株需通过大量的初筛和复筛，获得高产菌株。并且经过发酵条件的优化研究，确定最佳发酵条件，才能使高产菌株的生产能力充分发挥出来。