呼吸道微生物（airway microbes），理学-生态学-微生物生态学-〔微生物与动植物、人类关系〕-呼吸道微生物，定植于上呼吸道和下呼吸道中的细菌、真菌、病毒、支原体、衣原体等微生物的集合。健康和疾病状态下的呼吸道中都存在大量微生物，且不同疾病状态下呼吸道微生物群落构成差异很大。健康状态下呼吸道微生物在抵御外源致病菌入侵、刺激机体发挥局部免疫功能中具有重要的作用。呼吸道作为人体的重要组成部分与外界直接相通，在个体出生后不久就会有菌群开始定植。随着宿主生长发育，受到宿主免疫功能和环境因素的影响，定植于呼吸道的菌群构成不断完善。健康状态下人体下呼吸道中的固定菌群以假单胞菌属（Pseudomonas）、链球菌属（Streptococcus）、普雷沃菌属（Prevotella）、韦荣球菌属（Veillonella）、嗜血菌属（Haemophilus）以及奈瑟球菌属（Neisseria）为主。虽然呼吸道中真菌以及病毒含量较少，但它们与呼吸道中菌群结构以及相关疾病均存在密切关系。呼吸道微生物在多种慢性呼吸道疾病的发生和发展过程中扮演重要角色。