药用真菌发酵（medicinal fungi fermentation），医学-现代医学-药学领域-生药学-分子生药学-药用资源生物工程-药用资源微生物工程，药用真菌在没有外源最终电子受体的条件下，真菌生物细胞对能源有机化合物的氧化与内源已经过该细胞代谢的有机化合物还原相耦合的过程。药用真菌发酵一般并不发生经包含细胞色素等的电子传递链上的电子传递和电子传递磷酸化，而是通过激酶底物水平磷酸化来获得代谢能ATP（腺苷三磷酸）。能源有机化合物释放电子的一级电子载体NAD（烟酰胺腺嘌呤二核苷酸），以NADH（还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸）的形式直接将电子交给内源有机电子受体而再生成NAD，同时将后者还原成不完全氧化的发酵产物。液体发酵技术是药用真菌发酵的主要方式，其优点包括可以进行工业化连续生产、规模大、产量高、发酵周期短和生产效益高等。药用真菌在液体发酵过程中，除菌丝或孢子会大量增殖外，还会在发酵液中产生多糖、多肽、生物碱、萜类化合物、甾醇、酶、核酸、氨基酸、维生素、植物激素及具有抗生素作用的各种化合物等多种具有生理活性的物质。