林木代谢组学（forest tree metabolomics），农学-林业-林木遗传育种-林业生物技术，系统研究林木代谢物化学过程的学科。林木代谢组是林木细胞、组织、器官和个体中所有代谢物的总体集合，是细胞过程的末端产物，包括代谢过程的底物、中间体和产物。代谢组学的研究主要包括组织获取和固定、代谢物提取、分析前处理、质谱分析、鉴定和定量、统计分析等6个步骤。限制林木代谢组学发展的因素主要有林木遗传背景的复杂性、组织材料质地的复杂性、林木代谢物存在油性树脂和纤维素等干扰物质等。通过开展林木代谢组学研究，可以探索林木对环境的适应性和耐受性，以及在经济和生态方面具有重要价值的林木的发育过程。将林木代谢组学和其他组学数据进行联合分析是林木功能基因组学的研究重点，其分析成果有利于增加对林木细胞生命过程的系统理解。