分子钟定年（molecular clock dating），理学-生物学-进化生物学-分子系统发生学，用分子钟假设估计系统树上分歧年代的方法。分子钟即是种间或谱系间进化速率恒定的假设。如果分子钟成立，物种间的遗传距离就会随种间的分歧时间线性增长，这样序列间的进化量或遗传距离会像时钟一样记录种间的分歧时间。如果某个分歧时间能用化石资料或地质事件确定下来，进化树上所有的分歧时间都可以用分子钟的假设估计出来。利用松弛分子钟来描述进化速率的变异、有效利用化石或地质资料来对分子钟进行校准等都是当前的热点研究课题。