公益组织孵化器是2006年设计成型，2007年4月正式运行，旨在为初创期民间公益组织提供关键性支持的公益项目。模式为“政府支持，民间力量兴办、专业团队管理、政府和公众监督、民间公益组织受益”。董事会领导下的执行机构负责日常管理；向社会各界募集运作经费；与资助型组织建立公益创投合作伙伴关系；由NPO专家组成顾问团，借助管理咨询、会计、法律、宣传营销等专业机构的志愿力量向被孵化公益组织提供一流的咨询服务；政府提供政策支持并以购买服务形式给予一定补贴；受益方为初创期的民间公益组织。NPI探索中国特色的NPO支持型组织发展模式，为被孵化机构提供包括场地设备、能力建设、信息共享、创业基金等基本孵化服务，同时也为被孵化机构提供资源拓展、财务托管、协助注册、管理咨询、成长评估等拓展孵化服务，不遗余力的发掘、培育有志于投身公益领域的“社会企业家”和公益“职业经理人”。