为适应长江航运事业的发展并与国际惯例接轨，遵照交通部对长江引航体制改革的指示精神，长江引航中心在原长江港江都局引航总站的基础上组建成立，在长江海事局的领导下，打破行政区划，统一管理长江的引航工作。2020年10月，被评为全国交通运输系统抗击新冠肺炎疫情先进集体。1997年6月18日，长江引航中心在江苏太仓挂牌成立。1998年6月18日，为适应事业发展的需要，长江引航中心迁址江苏江阴。长江引航中心按照集中统一调度，在航交接的工作原则，对外代表国家对进出长江的外国籍船舶实行强制引航，对内为港航企业和船舶单位提供引航服务，集中独立承担进出长江船舶引航任务。