化合物库（compound library），医学-现代医学-药学领域-药物化学-药物设计-先导化合物的优化-化合物库，含有多种化合物的数据库。化合物库的含义很广，可以由混合物组成，也可以由不连续的化合物组成。它可以包括从几个到几千个甚至上万个化合物。化合物可以有不同的来源，过去大多数来自组合化学和天然产物。组合化学的化合物库的构建是将一些基本小分子（如氨基酸、核苷酸、单糖等）通过化学或生物合成的手段装配成不同的组合，由此得到大量具有结构多样性的化合物分子。构建大量不同结构的化合物库，并不进行混合物的分离，通过高通量筛选，发现其组分具有生物活性后再进行分离，并确定其活性化合物的结构。对没有活性的大量化合物就不做结构确证和分离的工作。这样可以节约大量的人力物力。由天然产物、有特殊活性的结构骨架或蛋白质表面片段及其类似物组成的主题库，它是与靶点的生物功能有关的化合物库，例如作为受体激动剂或拮抗剂的肽类似物库、按照酶的作用机制分类的酶抑制剂库等。对主题库进行筛选是在大范围、多品种的随机筛选和数量少、有一定认知基础的集中筛选之间的一种方法。