微软认证系统工程师 （英语：Microsoft Certified Systems Engineer，简称：MCSE）是微软认证中的高阶认证之一，代表持有认证的专业人员，对微软的服务器，网络技术，系统管理的建置，管理，部署以及维护等工作具有相当的经验与知识，适合网络工程师，系统管理员，系统工程师或网络管理师等职务，在早期与 MCSD 并列微软的两大高阶认证，最早的版本是 Windows NT 3.51，接着在每个 Windows Server 的版本更新，就会更新 MCSE 的认证要求，早期的 MCSE 都要考一科网络知识的必考科目 Exam 70-058: Networking Essentials，一直到 Windows 2000 才纳入 Server 的考试中。