决定个体性别发育的基因被称为性别决定基因。由X染色体和Y染色体决定在所有哺乳类引起机体雄性化作用的步骤显然是一致的: 来此父本的Y染色体含有性别决定区-Y(Sry)基因,这个基因诱导未分化的性腺形成睾丸(不是卵巢)。然后,睾丸分泌激素使机体的其他部分雄性化。这些雄性化睾丸的激素中有两个激素是抗缪勒(antimullerian)激素,即抑制雌性生殖管发育的蛋白和睾酮。睾酮是一种甾醇,它能促进雄性生殖管的发育和雄性化外生殖器。在使机体雄性化过程中,睾酮首先与雄激素受体结合,然后睾酮-受体复合物与DNA结合,从而调节基因表达和促进向雄性分化。如果Sry基因缺失(像在接受父本X染色体的雌性),性腺发育成卵巢,在没有暴露于睾丸激素的情况下,机体形成雌性外形。在对激素作用敏感的发育特别时期,生殖器官将仅仅对睾丸激素作出反应;在成年期激素处理对雌性的生殖器形态的影响甚微。多数雌雄异株植物的Y染色体存在雄性决定基因和雌性抑制基因,雄性决定基因决定花药、花丝的发育和小孢子体方向减数分裂,雌性抑制基因抑制子房、柱头的发育以及大孢子体方向减数分裂。然而有些雌雄异株植物则不是如此,就拿喷瓜来说,性别受到一组等