物理图是指标明一些界标(例如，限制酶的切点、基因等)在DNA上的位置，图距以物理长度为单位，例如染色体的带区、核苷酸对数目等。人类基因组计划的研究目标是，构建人的每条染色体的STS图，标记之间相距约10Okb。获得一组组DNA片段的克隆，组内两两片段之间有共同的重叠序列;或是获得标记按正确次序排列、相互毗邻的片段，其连续长度超过2000kb，以便把染色体分段进行研究。最通常的物理图的构建方法是把限制酶切的DNA片段，按其次序排列连接起来。作图的技术路线基本上分两类:一类是由长到短作图，另一类则是由短到长作图。前者是将基因组DNA用切点很少的限制酶如NotI等完全酶切，得到长约100~l000k