SD序列,Shine-Dalgarno (SD)是细菌和古细菌中信使RNA中核糖体结合位点序列。通常位于翻译起始密码子AUG上游约8~10个碱基位置。SD序列帮助招募核糖体RNA,并将核糖体比对并结合到信使RNA(mRNA)的起始密码子,从而开始蛋白质合成。一旦被招募,tRNA可以按照密码子的指令顺序添加氨基酸,从翻译起始位点向下游移动进行蛋白质合成。SD序列还存在于一些叶绿体和线粒体的转录本中。由6个碱基组成的SD序列的保守序列为AGGAGG。SD序列是由澳大利亚科学家John Shine和Lynn Dalgarno提出。在原核生物中,起始密码子的选择取决于核糖体的小亚基与mRNA模板之间的相互作用。30S亚基与处于紧靠正确起始密码子上游的富含嘌呤的mRNA模板结合,这个区称为SD序列(Shine—Dalgarno sequence),它与16S rRNA 3'端的一个富含嘧啶区互补。在起始复合物形成过程中,这些互补的核苷酸配对形成可使mRNA与核糖体结合的双链RNA结构,结果将起始密码子定位在核糖体的P位。