即系统与系统之间的关系。各系统之间由于结构、功能不同，其相互关系也不同。系统关系是十分复杂、丰富的。从时不变系统的角度看，系统有等级关系和并列关系。纵向等级有低级系统、高一级系统、更高一级的超系统，形成向上或向下的等级关系。每个等级上有多个横向系统的并列关系。从时变系统角度看，系统变化需要时间，时间也导致系统的变化，这就产生系统进化中的若干关系研究：如封闭与开放、组织与自组织、有序与无序、量变与质变、渐变与突变、对称与对称破缺、可逆与不可逆、偶然与必然、内因与外因、竞争与协调等等关系范畴。从系统的相互作用和功能的角度看，系统之间有因果关系、依赖关系、吞食关系、破坏关系等等。1976年，我国正式提出泛系理论(或称泛系方法论)，是侧重从关系、关系转化与泛对称(广义对称)来分析一般事物机理与广义系统的跨学科的理论。广义系统是指广义硬件与广义软件结合的软硬兼设体。广义软件就是指一般关系、关系的关系、动态关系、含参量的关系等概念的引伸与推广。