运作风险指的是证券公司从业人员的行为风险，它包括主管人员的决策行为到经纪人的销售行为，以及交易员的执行为等。目前有越来越多的券商开始推出专业经纪人服务制（或称“客户经理制”），经纪人制的经营方式，在很大程度上扩大了经纪人的业务活动范围，也扩大了经纪人和客户之间往来的途径。举例来说，经纪人张三去客户李四的办公室收一笔10万元的交易款存入李四在该证券公司的账户中。这一简单而又经常发生的业务行为，如果没有一个好的监管制度，其风险极大。因为张三可能会少存、晚存，甚至不存，而李四也有可能多报，甚至由这笔款的交易引发股票亏损。一旦事情发生，承担法律责任的首先是证券公司。再举例来说，一个老客户电话口头下单交易，事后由于股票价位下跌而不承认该笔交易，这该该如何解决？当然，这些还只是运作风险中的一部分。