所谓“澳门模式”，是指在民进党执政期间，两岸协商的另类模式。由于中国大陆坚持两会复谈应先处理一中原则问题，在民进党不愿处理一中原则，两岸事务又必需推进的现实情况下，中国大陆在当时发展出一套“行业对行业”、“团体对团体”在澳门商谈的新模式。淡江大学大陆研究所教授张五岳称“澳门模式”为“政府授权、民间名义、官员主谈、公权力落实”。具体做法是就春节包机、开放第一类大陆观光客赴台旅行等问题进行业务商谈；台湾“交通部”、“陆委会”官员以民航团体、旅行团体顾问的身分参与商谈，大陆的官员也曾以民间协会的身分与会。“澳门模式”虽未处理一中原则，也对两岸交流取得部分成果，但因中国大陆与民进党政府缺乏互信基础，“澳门模式”也仅能就春节包机、第一类观光客来台旅行等个别问题取得局部共识，并无法开展两岸“三通”直航的商谈。