应用控制是“一般控制”的对称。审计方面对电子数据处理系统的输入、处理和输出等处理过程所进行的控制。内容主要包括：(1) 输入控制，即为了防止或及时发现输入错误的数据或数据在输入过程中发生错误，保证全部原始数据都能正确、完整、合法地输入电子计算机而建立的控制，如对原始数据进行审查、整批控制，两次录入控制、顺序号检查、合理性检查、数据类型检查、错误更正控制等。 (2) 处理控制，即为了保证数据输入计算机后在机内得到正确的传送和处理而建立的控制，如文件标号控制，限度检查及范围检查，代码有效性检查以及处理总数控制等。(3) 输出控制，即为了保证系统输出结果的可靠性，输出格式的正确性以及将处理结果及时分送给合法的接受者而对系统的输出过程进行的控制，如对输出结果的分析与检查，控制总数的比较以及设置输出结果登记簿等。