理学在歙县传播和影响极深。理学的奠基人洛阳程颢、程颐和集大成者婺源朱熹的祖籍都在篁墩，故称其为“程朱阙里”。乾隆年间，托恩多奏请赐安徽篁墩二程子朱子祖居祠御书扁曰洛闽溯本。朱熹的母亲为本县县城人，父亲朱松曾在徽州府城南紫阳山老子祠读书，入闽后刻印章曰“紫阳书堂”，并以“紫阳”名其居。朱熹著述亦自称“新安朱熹”或“紫阳朱熹”。朱熹曾三次回徽州省亲和扫墓。第一次来本县拜见其外祖父祝确；第二次瞻仰紫阳山祝确故庐，讲学于老子祠，并题有“旧时山月”四字；第三次曾在县城东北的天宁山房讲学，本县听讲的有赵师端兄弟和祝穆、吴昶等人。在天宁山房，朱熹答问40条。朱熹死后，南宋理宗追封朱熹为太师、徽国公，亲自为本县紫阳书院题写匾额。元以后，历代封建王朝竭力推崇理学，把朱熹的《四书集注》定为科举考试的依据。本县学者对程朱理学更是信奉不移，“凡六经传注，非经朱子论定者，父兄不以为教，子弟不以为学也”(道光《徽州府志》)，并在篁墩建“程朱三夫子祠”。当时，徽州“书院林立，以紫阳为大”，紫阳书院被视为传播程朱理学之圣坛。清代曹振镛称：“自宋、元、明，迄今数百年，江以南士之私淑文公，能于学校自表见者，必推我新安”。