孙应元（？-1642年），明后期将领。孙应元曾任京营参将，督勇卫营。崇祯九年（1636年），从张凤翼抗御入掠畿辅的后金兵，有功晋副总兵。崇祯十年（1637年），败农民军于郑州、密县，斩杀一千七百余。明年，又破农民军于舞阳、光山，固始，斩杀二千九百余人，加都督佥事，又加都督同知，再晋左都督，加衔总兵官。崇祯十二年（1639年），命征张献忠、罗汝才，降农民军首领许可变（改世王）、许可受（安世王）。崇祯十三年（1640年），破罗汝才部于丰邑坪，斩杀二千三百余人，俘五百余人。降农民军首领混世王、小秦王。崇祯十五年（1642年），于农民军战于罗山，孤军无援，阵亡。