自交系，在人工控制自花授粉情况下，经若干代，不断淘汰不良的穗行，选择农艺性状较好的单株进行自交，从而获得农艺性状较整齐一致、遗传基础较单纯的系，称为自交系。优良自交系间杂交所产生的生活力强、产量高的杂种后代，称为自交系间杂交种。其农艺性状优于品种或品种间杂交种。一般增产20～30%。在玉米上应用较多，水稻也有应用。自交系就是一个单株经过连续多代自交而形成的一个株系。植株是天然异花受粉作物，任何一个品种都是遗传上十分复杂的群体，经人工严格自花授粉（自交）后，遗传性上一系列特征特性发生分化；而分化出来的各个家系，随着自交代数的增加，遗传性日趋纯合整齐；最后，在每个家系中的所有个体均表现出一致的性状，就形成整齐一致的自交系了。来源于同一单株自交形成的各自交系称为“姊妹系”。