皖军为皖系军阀的军事武装力量，因其首领段祺瑞为安徽省人，故名皖军。皖系军阀是北洋军阀嫡系分支，袁死后，迅速夺得北京政权，并在地方上取得督军团的支持。首领：段祺瑞。核心人员：徐树铮、靳云鹏、吴光新、段芝贵、傅良佐、卢永祥等。1920年，直皖战争爆发，段祺瑞被新直系军阀与奉系军阀联手击败，皖军随之土崩瓦解，退出中枢。江浙战争中，皖系卢永祥被新直系齐燮元、孙传芳等击败，皖系势力从此一蹶不振，在政治与军事方面处于无足轻重的地位。袁世凯复辟帝制失败后，北洋军出现分裂，以段祺瑞为首的皖系军阀（因段为安徽合肥人而得名）正式形成。