集群灭绝与个别物种的不断灭绝有很大的区别。在集群灭绝中,生物区系中的大部分成员在很短的地质时间里遭到毁灭。集群灭绝是由于物理原因造成的。自从生命在地球上产生以来,明确证实的集群灭绝只有自动物(后生动物)产生以来的那些灭绝。编辑本段事例最著名的集群灭绝就是白垩纪结束时发生的恐龙及其他海洋和陆生生物的灭绝。长期以来都不太清楚导致这一灾难性灭绝的原因是什么,但正如沃尔特·阿尔瓦罗兹提出的,最有可能的原因是5600万年前一个小行星撞击地球所致。这次撞击产生出来大量灰尘导致陆地温度的急剧下降,并带来其他不利后果,从而使当时生物系中的大部分生物都灭绝了。在古新世和始新世发生了壮观的进化辐射,产生出现存哺乳动物的所有目和许多科,少数生存下来的白垩纪鸟类在第三纪的最初2000万年时间里也发生了类似的爆炸性进化辐射。集群灭绝中最剧烈的且造成的灾难比阿尔瓦罗兹事件还要大的灭绝,发生在二叠纪结束时,据估计导致了当时95%的物种毁灭。这次灭绝显然不是由于小行星,而是由于气候变迁或陆地大气中化学成分的改变。还有三个重大的灭绝(分别发生在三叠纪、泥盆纪和奥陶纪时期),每一次都导致了当时76%-85%的物种