荆州区于1994年10月由原江陵县析置。建区之初，全区辖原江陵县的荆州、川店、马山、李埠、弥市5个镇和八岭山、纪南2个乡。1995年2月，经上级批准，撤销荆州镇，以其区域分设东城、西城、城南、荆北4个街道办事处，其中的城南街道办事处挂荆州城南经济技术开发区的牌子，实行两块牌子，一套班子合署办公。1995年8月和12月，经上级批准，纪南、八岭山2乡先后撤乡建镇。1998年6月，经上级批准，荆北街道办事处改建为郢城镇。2004年9月全省进行农场管理体制改革，将菱角湖和太湖港两个农场划归荆州区管理。目前，全区辖纪南、川店、马山、八岭山、李埠、弥市、郢城7个镇，东城、西城、城南3个街道办事处，太湖港、菱角湖2个农场管理区以及湖北省荆州城南经济开发区。各镇（街办）共辖133个村民委员会和37个居民居委会。全区国土面积1045平方公里，人口60.12万。