中科云畅应用技术研究院举办《2018微生物宏基因组、多样性数据分析课程》

2018年3月29日 8:00 至 2018年4月2日 18:00 ，中科云畅应用技术研究院在 济南·山东大学中心校区·济南市历城区山大南路27号举办《2018微生物宏基因组、多样性数据分析课程》，会议大约有40人参加。

会议通知

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2018微生物宏基因组、多样性数据分析课程宣传图

  一、培训特色：

 主题明确，针对性强，理论和实践结合，主讲与学员研讨的方式进行

 讲师拥有丰富的微生物数据分析和项目执行经验

 课下主讲老师为您所遇到的问题提供个性化解答

 配合研究中所需的要点,围绕实际研究中常用的软件展开;

 学员通过与专家直接交流，能够分享到顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。

二、培训内容

一、微生物组学研究趋势与方法 1、单菌不同水平（如DNA、RNA、蛋白等）的研究趋势和方法 2、如何利用这些组学研究的内容 二、序列组装和功能分析---DNA水平 1、如何利用和比较illumina和454数据在序列组装上的优缺点。 2、如何利用Sanger测序的结果进行PCR补洞 3、基于组装好的序列进行组分（基因、功能元件、非编码RNA等）和功能分析 4、微生物分析内容和方法 5、讨论如何联合DNA和RNA分析结果形成真正的trans研究

三、微生物基因组 1、微生物基因组学的发展历史和前沿科学问题 2、 微生物群落和宏（元）基因组学 2.1 微生物群落的动态平衡 2.2 人体微生物群落特征 2.3 微生物群落和疾病 3、病原菌泛基因组学和进化研究 3.1 微生物基因组的特征 3.2 基因相互作用网络的结构 3.3 生态环境与种群基因组进化 4、病原菌转录组和单细胞研究 4.1 单细胞研究的必要性和需要注意的问题 4.2 病原菌在压力条件下，单细胞的基因表达和调控 5、从微生物基因组学的角度理解病原菌致病性 5.1 致病菌的基因组特征和进化 5.2 微生物群落对致病菌的控制作用 5.3 环境因素诱导基因表达对致病性的影响

一、高通量时代的宏基因组学研究 1.应用于宏基因组学研究的 NGS 平台     1.1Roche/454 GS FLX Titanium  1.2HiSeq 2000   1.3PacBio RSII 2. 实验流程     2.1实验设计     2.1.1 Amplicon-based: 细菌 16S rRNA，古菌 16S rRNA，真菌 ITS， 真菌 18S     2.1.2Whole meta-genome or whole meta-transcriptome     2.2 建议测序量     2.3样本采集流程，水体、粪便、肠道内容物、土壤、物体表面、口腔 3. 生物信息学分析结果解析     3.1测序结果评估，数据统计、OUT 聚类、稀释性曲线（Rarefaction curve），指数分析（Alpha-diversity）、OUT 分类学分析（Taxonomy）  3.2群落结构及丰度分析：Shannon index 曲线、Rank_abundance 曲线、样本群落组成 分析、样品 OUT 分布 Venn 图、Heatmap 图、PCR 主成分分析     3.3分类学和进行关系分析：系统发生进化树、UniFraction PCoA、UnifracTree、NMDS、 RDA/CCA 4  生物信息学数据分析工具     4.1序列质量控制（quality control）: fastqc     4.2序列组装（Metagenomic assembly tool）: MetaVelvet; Meta-IDBA; Genovo; Bambus 2     4.3Short read alignment and mapping to reference genome: Bowtie; BWA; SOAP3; mrsFAST     4.4多样性分析（Microbial diversity analysis）: MLST; Axiome; PHACGS     4.5功能注释（Functional annotation）: RAMMCAP     4.6基因注释（ Gene annotation/gene calling ） : FragGeneScan; MetaGeneMark; MetaGeneAnnotator     4.7聚类（Binning）: TETRA; MetaCluster; Phymm     4.8一站式服务器（Automated platforms/servers for comparative and functional analysis）: MG-RAST; MEGAN 4; CAMERA; GALAXY 5  宏基因组勘探（Prospecting metagenomes）: 5.1Substrate induced gene expression (SIGEX) 5.2Metabolite regulated expression (METREX)     5.3Product induced gene expression (PIGEX) 6  案例分析，大型宏基因组项目 6.1Human microbiome      6.2 Earth Microbiome

三、组织机构

主办单位：中国科学院计算技术研究所烟台分所

承办单位：中科云畅应用技术研究院

主讲专家：中国科学院微生物研究所

          中国科学院基因组研究所

          中国医学科学院药用植物研究所

中科院计算技术研究所烟台分所（烟台分所）是中国科学院计算技术研究所与烟台高新技术产业开发区共同组建的网络应用技术研究机构，定位为将国家战略需求和地方产业需求紧密结合的新型研究所。是中科院计算所第一个将技术整体转移并实现资源共享、信息互通的地方分支机构。明确“一个方向”：以海量互联网数据的深度信息处理为主要发展方向。建设“三大平台”：海量网络数据计算平台，大规模网络仿真平台，互联网深度信息服务。产出“三类价值”：学术、系统和应用、产业孵化。

会议日程

即将更新，敬请期待

会议嘉宾

即将更新，敬请期待

参会指南

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报名办法及费用： 

每人￥4300元（含报名费、培训费、资料费、上机费等相关费用），食宿可统一安排，费用自理。请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训，各单位也可直接报名参加。

交通指南：

济南市历城区山大南路27号

山东大学中心校区，原称山东大学东校区新校，校区建设始自1958年山东大学自青岛迁校到济南之时，2009年改为现名。目前，该校区为山东大学校部机关所在地（明德楼），位于山东省济南市山大南路27号，齐鲁新地标知新楼即位于该校区内。目前，该校区是山大体量最大的一个校区，包括数学学院、物理学院、化学与化工学院、生命科学学院、环境科学与工程学院、文学与新闻传播学院、历史文化学院、哲学与社会发展学院、经济学院、管理学院、信息科学与工程学院、国际教育学院、泰山学堂、儒学高等研究院（文史哲研究院）、马克思主义学院（马列教学部）、外国语学院（大学外语教学部）、晶体材料研究所、环境研究院、经济研究院（中心）、齐鲁证券金融研究院等二十余家教学科研机构。拥有大成广场、稷下广场等多处校园景点，并建有可供国内大型赛事使用的高标准体育馆。