中国科学院计算技术研究所烟台分所举办《功能基因组、长非编码RNA、表观遗传学培训班》

2017年8月18日 8:00 至 2017年8月21日 18:00 ，中国科学院计算技术研究所烟台分所在 济南·山东大学计算中心·中国山东省济南市山大南路27号举办《功能基因组、长非编码RNA、表观遗传学培训班》，会议大约有35人参加。

会议通知

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功能基因组、长非编码RNA、表观遗传学培训班宣传图

本期培训班有着丰富的内容，前沿科研技术，培训班中包括了非编码RNA 的功能研究策略与科研设计，研究关键技术等，涵盖长链非编码RNA、小分子RNA与表观遗传学的完整解决方案，理论讲解和实验操作结合，让你更快更好地掌握时下科研技术与科研方向。

培训内容：

一、DNA测序技术-原理及技术

a)第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent原理

b)第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理

c)第四代测序技术：Oxford NanoPore原理

d)Hybridization based methods

e)测序技术的比较及展望 

 

二、基因组编辑技术（CRIPR技术）

a)不同基因组编辑技术的比较Meganuclease，ZFN，TALEN，          

b)CRISPR-Cas9

c)CRISPR-Cas系统的作用机理

d)CRISPR-Cas系统在基因组编辑中的应用

e)CRISPR-Cas系统的其他应用

三、生物信息学基本实验技能

a)Linux常用命令 

b)EMBOSS，经典序列分析工具集

c)Perl编程基础

四、小RNA（microRNA）研究方法及案例

a)实验流程

b)数据处理比对

c)靶基因富集分析

d )miRNA-mRNA关联分析

e)主要工具包的使用：miRDeep，mirDeep*

五、长非编码RNA（lncRNA）研究方法及案例

a)实验流程

b)lncRNA的发现和分类

c) 功能分类

d)主要工具包的使用：lncRScan，LncRNAFunction等 

六、表观遗传学研究方法及案例

a )DNA methylation, MeDIP-seq

b )Histone modifications, ChIP-seq, ChIP-exo

c )Nucleosoem positioning and occupancy, MNase-seq

d )Chromatin accessibility, DNase-seq

e )3D chromatin structure, 3C, 4C, 5C, Hi-C

七、基于DNA/RNA测序技术的功能基因组学研究策略分析

a )ARNA Transcription: ChIRP-Seq, GRO-Seq, Ribo-Seq, CLIP-Seq

b )RNA structure: SHAPE-Seq, PARS-Seq, FRAG-Seq, CAP-seq

c )Low-level RNA detection: Quartz-Seq, DP-Seq, Smart-Seq, d 

d )Smart-Seq2

e )Low-level DNA detection: smMIP, MDA, MALBAC, OS-Seq

八、R语言基础

　a ） R和R studio的安装

　b ） 从bioconductor下载安装packages

　c ） R绘图基础，correlation matrix ,dot plot

    非编码RNA和表观遗传学是近年来生命科学领域的研究热点，非编码RNA在包括发育、免疫、生殖等基本生理过程中扮演了不可替代的角色，同时在包括多种重大疾病中也发挥重要作用。2016年，表观转录组分析（Epitranscriptome analysis）荣膺Nature Methods年度生命科学技术，目前已知的RNA修饰超过100种，其中很多修饰能参与到真核基因表达调控。非编码RNA和RNA表观遗传学的研究，将加深人类对生命系统复杂调控网的理解和认识，并为疾病的研究和治疗提供新的视角，有望从中发现新的分子标志物与治疗靶点。

主办单位：中国科学院计算技术研究所 烟台分所

培训地点：山东大学 计算中心

培训时间：2017.8.18——8.21

中科院计算技术研究所烟台分所（烟台分所）是中国科学院计算技术研究所与烟台高新技术产业开发区共同组建的网络应用技术研究机构，定位为将国家战略需求和地方产业需求紧密结合的新型研究所。是中科院计算所第一个将技术整体转移并实现资源共享、信息互通的地方分支机构。明确“一个方向”：以海量互联网数据的深度信息处理为主要发展方向。建设“三大平台”：海量网络数据计算平台，大规模网络仿真平台，互联网深度信息服务。产出“三类价值”：学术、系统和应用、产业孵化。

会议日程

即将更新，敬请期待

会议嘉宾

即将更新，敬请期待

参会指南

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报名须知：

1.注册费：4300元/人；（包括培训费、资料费、上机费、考试费等；食宿统一安排，费用自理） 

2.团体优惠：同一单位5位学员参加，可额外赠送1个免费名额； 

3.本次培训班共35个名额，培训座位按收到报名表先后顺序安排。

交通指南：

中国山东省济南市山大南路27号

  集群系统采用 CPU+GPU+MIC 的三重异构架构，计算节点+胖节点混合的体系结构。配置了1台管理节点和1台登陆节点。计算资源包括34台CPU计算节点、1台胖节点、2台GPU节点和2台MIC节点。

        集群总计856个CPU计算核心，CPU的计算能力为32Tflops（每秒计算32万亿次）， 2台GPU节点计算能力为4.6Tflops，2台MIC节点计算能力为4.8Tflops。

        使用了全互连无阻塞的Infiniband 56Gb FDR高速计算网络和千兆的高速管理和监控网络。采用了lustre并行文件系统，并行存储裸容量为200TB。

         整个机房及设备的制冷采用业界领先的自适应液态冷却系统。