土木工程系是清华大学历史最悠久的系科之一。早在1916年清华学校(清华大学前身)即开始招收土木工程学科的留美专科生。1925年清华学校建立大学部，1926年学校成立工程系，含土木、机械、电子三科，由此正式揭开土木工程系的历史。1928年，清华学校更名为"国立清华大学"，设文、理、法、工四个学院，16个系，其中有土木工程系。1937年抗日战争爆发后，土木工程系随学校南迁长沙、昆明，以本系为主成立西南联合大学土木工程系，设结构、铁路道路、水利、市政卫生四科。1946年土木工程系迁回清华园。清华大学土木水利学院下设结构工程研究所、防灾减灾工程研究所、结构力学教研室、地下工程研究所、交通工程研究所、建