菲律宾国家调查局是在曼纽尔总统的提议下于1936年11月13日成立的，其前身是调查处，成立的依据是联邦法令第181条。当时，菲律宾政府委托纽约城市警察局经验丰富的托马斯·杜根警长(该人同时还是美国联邦调查局特工，是当时联邦调查局里唯一的菲裔美国人)组建一个类似于美国联邦调查局的机构。成立之初，由于坚持了严格的招募标准，在300名申请者中只有45人被吸收进调查处，这些人的职业包括:医生、化学家、摄影师、指纹专家、速记员等。在被日本占领期间，调查处并入菲律宾国家税务局。二战结束后，美国陆军最高司令部将先前在调查处工作的人员全部招募为调查员，并开始组建菲律宾国家调查局。从那时起，调查局的职能就不断扩